مشاوره در دبستان‌ها و دبیرستان‌های علامه طباطبایی نقش بسیار مهمی در رشد تحصیلی، اجتماعی و روانی دانش‌آموزان دارد. این فرآیند از یک طرف به کمک دانش‌آموزان می‌آید تا در مسائل تحصیلی، شغلی و روانی به موفقیت برسند و از طرف دیگر از بروز مشکلات بزرگ‌تر جلوگیری می‌کند. مشاوره در این مدارس به‌طور جامع و سیستماتیک طراحی می‌شود تا همه ابعاد زندگی دانش‌آموزان را تحت پوشش قرار دهد و به آن‌ها در مسیر رشد و توسعه فردی‌شان کمک کند.