برنامه اردوهای درون مدرسه برای مطالعه و رفع اشکال درسی اردوهای مطالعاتی در دبیرستان مهرآیین تاریخچه خوبی دارد، در طی سال هفته ای یک بار در اردوگاه شهید باهنر بچه های مهرآیین با ورزش شادابی تازه ای بدست می آورند و آماده برای مطالعه درسی می شوند، در نوروز هم دبیرستان های دخترانه و پسرانه در اردوی مطالعاتی مدرسه شرکت می کنندو با هدایت مشاوران تحصیلی دروس خود را مطالعه می کنند. این اردوها برای بچه ها بسیار خوشحال کننده است چون علاوه بر مطالعه دروس که بار ذهنی را از آن ها بر می دارد، محیط صمیمی باعث ایجاد انرژی بیشتر و انگیزه بالاتر می شود.